制药冻干机的清洗，主要分为如下2步：
1、通常用软化水或蒸馏水作清洗剂。不要用带酸基或碱基的去污剂或清洗剂清洗，因为不管用软化水怎样清洗，仍然可能留下微量的去污剂，这样反而增加了腐蚀的危险或呈粉进入制品中。清晰地效果随着清洗剂温度升高而增加，但如果污染物中有蛋白质含量时，温度不应高于60℃。
2、清洗的方法可用刷子手工洗刷，用喷枪手工喷射，先主要采用CIP在线清洗密团系统自动清洗。它是由安装在干燥箱和水气冷凝器内的许多喷嘴所组成。清洗剂由水汞吸入，经管道阀门从喷嘴喷出冲刷干燥箱和水蒸气冷凝器内部零件的表面，将污染物和杂质带走，水从容器底部的排水管排出。一般来说，清洗水不重复使用，因为用循环清洗有造成全面污染的危险。
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