在真空冷冻干燥机的电气控制系统中，较为重要的核心就是冷冻干燥机的控制和保护，例如真空冷冻干燥机的温度控制、流量控制、压力控制、真空冷冻干燥机的温度保护、流量保护、压力保护、过电流与过电压保护等多个方面，在真空冷冻干燥机的部件控制中，较为重要的是进口压缩机的保护与控制。
上海拓纷生产的真空冷冻干燥机主要采用进口压缩机，它较基本的控制则是开关控制。开启式和部分半封闭式制冷压缩机都可以通过容积的调节和转速的调节来控制压缩机的容量，即制冷系统的制冷量，从而达到真空冷冻干燥机的温度控制；全封闭压缩机则只需调节转速。压缩机的控制方式是双位调节，开停控制参数通常是制冷温度和真空度。其特点是温度控制精度较低，但控制简单可靠。
真空冷冻干燥机的电气控制系统按结构来分类，控制和显示器件有电子式和机械式两大类。真空冷冻干燥机的电气控制系统按工作原理来分类，控制和显示器件则有数字式和模拟式两大类。电子式冻干机控制器所用控制线路较复杂、所以冻干机的电气控制系统成本总体较高，而机械式真空冷冻干燥机控制器所用控制线路简单，电气控制系统总体成本相对较低。
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