随着冻干技术的兴起与发展，真空冷冻干燥机（冻干机）因适用在中药材的新型加工及活性保鲜，也逐渐在中药材行业得到更广泛应用。
例如鹿茸具有补肾壮阳、益精髓、强筋骨、补气血、通督脉等功效，是珍贵的药材及保健佳品。传统的鹿茸加工方法易造成鹿茸内有效成分流失或破坏，还常常出现破皮、空头、酸败、焦化、腐败变质等缺陷。经过研究，而通过冻干机低温冷冻干燥加工的鹿茸，并与沸水煮炸、微波能和远红外烤箱烘烤等传统的鹿茸加工方法相比较。结果表明，冻干鹿茸可尽可能地保持鹿茸的活性营养成分，鹿茸的形、色、味基本保持不变。既保证了鹿茸质量，又大大缩短加工周期；既能规范化操作，又便于计算机控制技术指标。
部分药物制剂、新材料、纳米材料、植物提取物及科研样品在制备过
精品冻干咖啡对香气、风味、颜色、颗粒状态和冲泡表现要求更高，
牡蛎富含蛋白质、氨基酸、牛磺酸、锌、铁以及多种矿物质，是常见
天麻属于高价值中药材和药食同源原料，含有天麻素、对羟基苄醇、
三七是常见的中药材和药食同源原料，含有三七皂苷、三七素、氨基
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