冻干机全名称为真空冷冻干燥机，用在制药行业也称制药冻干机。而冻干机的在位清洗（CIP）和在位灭菌（SIP）是保生物制品和药品质量的重要工艺步骤。
冻干机的在位清洗系统是指在不需要拆分部件，工作状态也无需做重大调整的前提下，利用受控清洗液的循环流动，在预定的时间内，将一定温度的清洗液通过密闭的管道对设备表面进行喷淋而达到清洗的目的。
冻干机的在位清洗系统是由若干喷嘴、电磁控制阀门、加压泵、清洗剂容器等组成，清洗剂通常是纯化水或注射用水，洗涤剂则取决于产品的组成。清洗剂由广角喷嘴和强力旋转喷头喷出，压力应大于0.6 MPa，清洗同时，板层还需做上下运动，以保证冻干箱及冷凝器内的每个死角都被清洗干净。清洗水不可重复使用，以免发生全面污染。清洗完成后，关闭阀门，启动真空泵，将冻干机内的残存水排干净。整个清洗过程要符合GMP要求，清洗操作程序集成在控制系统内，工作人员根据实际情况进行设定、操作。
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