酸奶发酵剂冻干机（压盖型）系统主要由控制系统、制冷系统、循环系统、真空系统、液压系统、气动系统等 组成。
酸奶发酵剂冻干机冷冻干燥过程，将酸奶发酵剂放入干燥箱内，制冷系统对板层进行制冷，从而达到冻结。此阶段要求冻结至制品共晶点以下，并保持2小时左右，以确保使制品全部冻结。再对后箱冷凝器进行制冷，温度一般降至-50℃以下。对箱体进行抽真空，一般抽至2.6Pa，对其进行升华干燥。
冻干机干燥分两个阶段，第一个阶段是将处于共晶点以下的酸奶发酵剂的水份在真空作用下大量升华，通过加热为酸奶发酵剂提供能量，同时箱内要保持适当的真空度，冷凝器将升华出的水份凝结，此时约有90%左右水分被去处。此后，为了除去酸奶发酵剂中的残留水份，以延长其保存时间，进行二次干燥。随即酸奶发酵剂的温度提高，箱内真空度降低，且后期基本保持恒定。第二阶段干燥后一般产品水分含量为0.5%—4%之间。
通过研究酸奶发酵剂冻干过程，可知酸奶发酵剂的冷冻干燥特性主要通过温度和真空度来控制，所以随着温度和真空度的变化，酸奶发酵剂的升华速率发生相应的变化。所以合理利用冻干机控制温度和真空度来控制酸奶发酵剂的升华速率，制造出优质的酸奶发酵粉剂。
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