由于药品冷冻干燥过程会产生多种应力，对冻干药品的药性有很大的影响，因此在冻干机对药品冷冻干燥过程进行合理设计，对于减少冻干损伤和提高冻干药品的质量有重大的意义。
冻干机在冷冻干燥过程中的冻结过程非常重要，因为在冻结中形成的冰晶形态和大小以及玻璃化程度不仅影响后继的干燥速率，而且影响冻干药品的质量。因此在冻干机冻结过程中必须考虑配方、冻结速率、冻结方式、以及是否退火等问题。
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