污水或污泥中的某些痕量或超痕量物质的分析研究时并需要应用土壤冻干机的方式，而对一些菌类研究时也需要应用冻干。
污泥是污水处理的副产物，含有多种菌胶体、有机物、无机物的一种复合产物，未经处理的污泥成分复杂，除含有灰分外，还含有大量的有机质、难降解的有机物、多种微量元素、病原微生物、寄生卵、重金属及盐类等成分。污水和污泥体系复杂、干扰组分多，给分析带来了一定的困难。因此就要求必须去除杂质和其它成分的方法要合理有效，另外由于目标化合物含量低(通常处于痕量或超痕量级别)，要保证分析方法的灵敏外，还要求去杂质方法对目标研究组分的安全性，因普通干燥方法对某些研究组分有一定破坏作用，因此利用土壤冻干机冻干污泥土壤被作为一种有效干燥污泥的方法应用于此类研究中。
李安安等在对污泥体系中的聚糖菌进行研究时，将做过预处理的污泥泥饼放入土壤冻干机内冻干24小时后应用于后续研究;叶欣等在对活性污泥中6种内分泌干扰物的定量测定一文中是将预处理后的污泥冻干一周后，用100目尼龙筛，用于后续分析;在“北京市污水厂污泥中的内分泌干扰效应物质”一文中，陈月华等直接将采集的污泥冻干，然后研磨成粉末，过40目筛，避光保存并用于后续分析中;陈健华等在对壬基酚聚氧乙烯醚的研究中将预处理过的污泥放入土壤冻干机内冻干48h后，将冻干污泥用研钵研碎,并经60目标准筛筛分后用于后续分析，对污水样品预处理后冻干6小时后用于后续研究;沈钢等污水和污泥中酚类内分泌干扰物分析时，冻干一晚上的时间后过筛再用于分析。
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