物料装入冻干箱之后开始进行冻干。冻干过程中最重要的参数是物料的温度和冻干箱内的压力。冻干曲线就是冻干过程中无聊的温度、压力随时间变化随时间变化的曲线。实践中冻干曲线常用隔板温度（或箱内空间温度）与时间的关系曲线来表示。为监测冻干过程的主要参数，一般冻干机均能自动记录隔板温度、物料温度、水气冷凝器温度、冻干箱内压力等参数与时间的关系曲线。
冻干曲线的形状与产品性能、能装多少、分装容器种类、设备条件等许多因素有关系。即使是同一产品，生产厂家不同，冻干曲线也完全一样。生产中应根据各自的组成部分，冻干工艺过程的主要参数如下。
一 预冻温度
预冻温度必须低于物料的共晶点（共熔点）温度5-10℃。每种物料的共晶点温度都需测量，一般为生物物料共晶点温度在-30℃左右。
二 预冻时间
物料的结冻过程是一个放热过程，需要一定的时间，达到规定的预冻温度之后，还需要保持一定的时间。为使整箱全部结冻，一般在达到规定的预冻温度后，还需要保持2h左右的时间。
三 预冻速率
缓慢冻结产生的冰晶较大，快速冻结产生的冰晶较小，对于生物细胞，缓冷对生命体型影响大，速冷影响小。从冰点到物质的共晶点温度之间也需要快冷，否则容易使蛋白质变性，生命体死亡，被称为溶质效应。结冻时形成的冰晶大小影响干燥速率和干燥后产品的溶解度。大冰晶利于升华，但干燥后溶解慢，小冰晶升华慢，干燥后溶解快，能反映出产品的原来结构。
因此，需要实验一个合适的冷却速率，使物料具有较高的存活率，较好的物理性和溶解度，且利于干燥过程中的升华。
四 升华阶段物料的温度
物料的生化过程是一个吸热过程，1g冰变成1g蒸气大约需要吸收2803J左右的热量，因此升华过程中必须对物料的温度不能超过共晶点温度，如果升华过程中物料温度低于共晶点太多，则升华速率降低，升华阶段所需的时间就增加；如果物料温度高于共晶点温度，则物料会发生熔化干缩现象，因此要控制物料温度接近共晶点温度，但又低于共晶点温度。
五 升华阶段的隔板温度
升华物料的热量来源于隔板，因此控制隔板的温度就能达到控制物料温度的目的。隔板温度是根据物料温度、冻干箱压力、冷凝器的温度来决定的。如果升华过程中，物料的温度低于共晶点额定和崩解温度，冻干箱内的压力低于真空报警规定的压力，冷凝器温度低于-40℃，则隔板面积可以继续升高。如果隔板温度升高到某一程度之后，物料温度已接近共晶点温度或崩解点温度，或冻干箱内压力已接近报警规定的压力，或冷凝器的温度回升到-40℃以上，则隔板的加热器不可再继续升高。
六 升华阶段的压力
升华阶段冻干箱内的压力应控制在一定范围内。压力太低对传热不利，当压力低于10Pa时，气体的对流传热效应，可以忽略不计；而压力高于10Pa时，气体对流传热明显增加。在同样隔板温度下，压力高于10Pa时，物料容易得到热量，升华速率较高。当压力太高时，物料传质速率降低，升华减慢，消耗热量减少，物料本身温度升高，一旦高于共晶点温度时，物料发生局部融化。生物制品冻干的质量要求严格，压力宜低一些，一般在10-30Pa为宜。
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