冻干机除了设计制造工艺之外，每一个零部件的造型同样影响机器的质量和使用寿命。冻干机的零部件中，以冷冻机真空泵和循环泵最为重要，因为只要进行冻干，它们几乎一直在运转之中。
冷冻机有开式，半封闭式和会封闭之分，开式的冷冻机马达与压缩机是分开的，利用皮带或连轴器传动，因此轴封处容易漏气，半封闭式冷冻机马达铸成一体，没有轴封，因此减少了漏气，全封闭式把马达与压缩机完全封在一个钢筒内，杜绝了漏气现象，一般大中型的冷冻机制成开式或半封闭式，小型的冷冻机制成全封闭式。
为了减少漏气的可能，冻干机上的冷冻机应是半封式或全封闭式的，另外为了增加冻干机的使用可靠性，大型冻干机的冷冻机不应该是一台，应该是多台独立机器联合工作，使用中一旦某台有故障时，不致损坏冻干产品。
冻干机的真空泵大都使用两种泵，一种是油封式旋转真空泵，一种是罗茨泵，又叫机械增压泵，有些冻干机使用一台双级旋片式真空泵，即能达到真空度的要求，有些冻干机使用一台单级油封泵加罗茨泵联合工作。两种方式使用效果基本相同。
油封式真空泵应是高速直联的泵，它体积小，抽速大，而不应是皮带传动的真空泵，罗茨泵亦应是直联式的。而不应是皮带传动的，最好是液力传动式的，这种罗茨泵可在大气压下与油封式真空泵同时启动。有些冻干机要求使用无油真空泵。循环泵应该是屏蔽式的，因为它不会发生漏油现象，直联有油封，会发生漏油。
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