随着冻干机技术的不断发展与提高，国内现有冻干机厂家生产的冻干设备也大部分拥有搁板控温功能（除传统小型实验室用冻干机外），隔板加热主要作用提高物料升华所需要能量，例如段江莲等在研究梨枣冻干工艺时发现，搁板温度每提高10 ℃，冻干时间就会缩短2小时，可见提高搁板温度，可提高干燥速率。
对冻干机搁板温度的控制包括控制冻结层和已干层的温度，对于冻结层的温度应首先保证低于共融点前提下越高越好;对于已干层的温度，在不出现因温度升高造成产品塌陷或变性现象的前提下，尽量采用较高的隔板温度，在解析干燥阶段，还要密切注意产品温度和隔板温度差别，保持隔板温度高于样品温度5℃左右，搁板温度要缓慢升高，但一般不高于70℃，对于一些活性生物制品则应当一直维持更低的隔板温度。
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